Styrelsen organiseres som hidtil i centre, fem faglige centre og et center for stab: Center for Vand og Havnatur, Center for Klimatilpasning, Center for Sikker Kemi, Center for Grøn Produktion, Center for Cirkulær økonomi og Center for Stab. To enheder placeres under direktionen uden for centrene: Direktion og Kommunikation og Kystdirektoratet.
Sammenlægning med Kystdirektoratet vil styrke Miljøstyrelsens engagement og faglighed i forhold til klimatilpasning og det marine miljø, og herudover vil styrelsen med denne ændring af organisationen få fagligt fokus på regulering af virksomheder, cirkulær omstilling, affaldshåndtering, kemikalier, pesticider samt grundvand.
Miljøstyrelsen og Kystdirektoratet omfatter samlet ca. 800 medarbejdere, fordelt på hovedkvarteret i Odense, Kystdirektoratets adresse i Lemvig samt virksomhedsenhederne og Kemikalieinspektionen i hhv. Århus og Slagelse, grundvandskortlægning i Aalborg, et mindre antal medarbejdere i Sollerup samt ministeriets personaleadministration i Sønderborg.
Styrelsen ledes af en direktion bestående af direktør Lars Hindkjær, vicedirektør Isabelle Navarro Vinten, vicedirektør Christian Bruhn Rieper og vicedirektør Anne Elizabeth Kamstrup.
Se Miljøstyrelsens nye organisationsdiagram
